Personne ne sait exactement pourquoi certaines personnes développent une rectocolite hémorragique, mais les recherches suggèrent que divers facteurs interviennent.³

• Il peut y avoir une prédisposition génétique. Les parents proches d’une personne souffrant d’une rectocolite hémorragique ont plus de risques de développer une maladie inflammatoire intestinale que le reste de la population. Mais cela ne veut pas dire que la rectocolite hémorragique est une maladie héréditaire ; elle n’est pas automatiquement transmise d’un parent à son enfant.⁴
• Des facteurs liés à une infection sont peut-être en cause : il a été démontré que certaines bactéries ou certains virus peuvent être impliqués dans les phases de poussée active de la maladie. La rectocolite hémorragique n’est toutefois pas une maladie contagieuse.⁵
• On sait que des événements provoquant un stress sont parfois liés à l’aggravation de la maladie et à la réapparition des symptômes. Cependant, la relation exacte entre ces crises et le cours de la maladie n’est pas claire ; il ne s’agit peut-être que d'une coïncidence.⁶
• Enfin, on a observé que les personnes souffrant de rectocolite hémorragique ont souvent des antécédents de réactions « exagérées » du système immunitaire. Un mécanisme de type immunitaire pourrait dès lors être impliqué. Diverses anomalies dans la régulation du système immunitaire ont d’ailleurs été décrites chez les patients souffrant de rectocolite hémorragique.⁷

Bien que les recherches n’aient pas encore abouti à une conclusion définitive, elles ont permis la mise au point de traitements de plus en plus efficaces qui contribuent à maîtriser la maladie.